Bij bemiddeling wordt een kopie van de aantekening ook aan de certificerende instelling (keuringsinstantie) verstuurd. Bij de jaarlijkse herkeuring moet het bedrijf kunnen aantonen dat de klacht in overeenstemming met de gemaakte afspraken en de richtlijnen van het keurmerk naar tevredenheid van beide partijen is opgelost.

De uitspraak van de geschillencommissie is bindend voor beide partijen. Een opvallend aantal klachten kan voor Groenkeur aanleiding zijn om een nader onderzoek in te stellen om het behoud van het certificaat al dan niet te kunnen rechtvaardigen.